本廠隸屬於臺北市政府環境保護局，為環保局所屬機關，置廠長、副廠長、秘書及正工程司各1人，下設3組4室，預算員額103人，組織架構圖如下：
廠本部包含廠長、副廠長、秘書、正工程司，技工及工友(各1人)共6人。
本廠各單位職掌（預算員額數）如下：
一、第一組(31人)：垃圾焚化作業與公害防治規劃、灰燼處置、機具器械保養維護及進廠車輛之管理等事項。
二、第二組(42人)：垃圾焚化之運轉操作、污染防治及鍋爐、發電、儀表、電氣等設備之管理等事項。
三、第三組(13人)：文書、印信典守、財產管理、庶務、出納及其他不屬各組、室事項。
四、勞安室(2人)：掌理勞工安全衛生業務之規劃、管理、督導及實施作業環境測定、教育訓練、健康檢查、職業災害統計等事項。
五、會計室(4人)：辦理歲計、會計事項，並兼辦統計事項。
六、人事室(4人)：辦理人事管理事項。
七、政風室(1人)：辦理政風事項。