本廠隸屬於臺北市政府環境保護局，為環保局所屬機關，置廠長、副廠長、秘書及正工程司，下設3組4室，組織架構圖如下：
廠本部包含廠長、副廠長、秘書、正工程司、技工及工友。
本廠各單位職掌如下：
一、第一組：垃圾焚化作業與公害防治規劃、灰燼處置、機具器械保養維護及進廠車輛之管理等事項。
二、第二組：垃圾焚化之運轉操作、污染防治及鍋爐、發電、儀表、電氣等設備之管理等事項。
三、第三組：文書、印信典守、財產管理、庶務、出納及其他不屬各組、室事項。
四、勞安室：掌理勞工安全衛生業務之規劃、管理、督導及實施作業環境測定、教育訓練、健康檢查、職業災害統計等事項。
五、會計室：辦理歲計、會計事項，並兼辦統計事項。
六、人事室：辦理人事管理事項。
七、政風室：辦理政風事項。